Pendirian Ilmu Kesejahteraan Sosial UIN Jakarta pada tahun 2003 dilatarbelakangi oleh kerjasama UIN Jakarta-Depag dengan Mcgill University-CIDA Canada dalam suatu proyek yang bernama IAIN/Indonesia Social Equity Project (IISEP). Tujuannya untuk memperkuat program-program untuk mengatasi permasalahan sosial yang ada di masyarakat  dengan melahirkan para pekerja sosial  yang profesional berwawasan ke-Islaman yang mampu bersinergi dengan assosiasi-assosiasi Islam, pemerintah  dan LSM-LSM. Berbagai Program Kegiatan kursus, workshop, pelatihan dan beasiswa S-2 dan S-3 ke McGill dan UI  dilakukan agar proses pendirian program studi yang memenuhi standar Dikti Depdiknas dapat dipenuhi oleh Fakultas Ilmu Dakwah dan Ilmu Komunikasi.